麦克阿瑟一生的最大成就，并不止于在太平洋战争中取得胜利，更在于他对日本社会进行了深远且全面的重塑。美国政界迄今都视他在战后推进日本改革的措施为无与伦比的典范，极力推崇这一历史功绩。
1945年8月15日，正午时分，日本裕仁天皇用无线电向全国发布了投降诏书。第二次世界大战随之以同盟国的胜利终结。仅仅过了两周，8月30日下午，麦克阿瑟率领四千美军在日本神奈川县厚木海军机场降落。他采取的这一举动存在不小的风险。当时，东京等地依然有不少军国主义残余分子制造事端，局势并未真正安稳。据随行人员回忆，那一日，素来不带钢盔的麦克阿瑟悄悄地把手枪挂在身上，作为最后的防身甚至自尽手段，可见他对可能发生的变故做了最坏打算。
现实并未验证他的忧虑。这个民族尊崇礼仪，同时也有强烈的对抗精神。输得彻底后，他们却显得格外顺从。抵达之后，麦克阿瑟很快就洞察到了日本社会的这种心理。他随即在9月2日的签字仪式上，调动了400架B-29轰炸机和1500架战斗机，密集编队飞越东京湾上空，震慑了所有在场的日本代表，也在东京市民中引发了巨大恐慌。对日而言，这是一场前所未有的威慑，而对于美国，这样的排场不过是国力的一个缩影二战中，美军军机产量高达30余万架，这次出动的规模不过九牛一毛。
9月11日，麦克阿瑟抵达东京，建立驻日盟军总司令部，把原先的美国大使馆直接改造成了自己的公馆。美国总统杜鲁门已下令，日本一切行政和统治权归属于麦克阿瑟，他在日本拥有最高权限和最终决断权，日本政府必须无条件配合。麦克阿瑟的命令甚至可以跳过日本当局，直接指挥权力与军事行动。
在正式开展治理前，麦克阿瑟意识到必须先处理“象征权威”天皇。裕仁当时仍然被许多军国主义者奉为神明，信仰的力量不可低估。为确保安全，麦克阿瑟特设了专门的警卫队伍，办公室警戒级别极高。随后，他让日本前外相吉田茂出面联络天皇，安排见面事宜。吉田茂，旧体制下有名的亲英美派人物，给麦克阿瑟反复叮嘱一系列会见礼节，诸如称呼、拍照等细节，不可冒犯天皇威仪。
而会面当天，这些诸多规矩却被麦克阿瑟一一无视。他坚持带摄影师入场，并主动要求合影，最终留下了那张天皇拘谨站立、麦克阿瑟双手插腰的历史照片。此相片随后在未获天皇许可的情况下公开出版，在日本社会引发巨大震荡，使得原本神圣不可侵犯的皇权形象瞬间破灭。而在合影之后，麦克阿瑟甚至“无意中”踩了天皇的影子，引发日本现场副官愤懑，被警卫带离。随即，他们进行了一场史无记载的私下会谈。尽管具体内容无人知晓，但外界根据以后事态发展推断，彼此之间应有过复杂的威胁与妥协。
麦克阿瑟最初曾有意追究裕仁的战争责任，但很快意识到，在天皇命令下，地方军队普遍选择了配合解除武装，这种威信等同数十万精锐部队。他权衡之下，决定不对皇室成员提起诉讼，保留天皇体制。1946年元旦，裕仁在麦克阿瑟授意下，发布了著名的《人间宣言》，否定了天皇神性的地位，称自己不过是一介凡人。自此，神坛上的天皇时代终结，为军国主义者提供的“神权借口”也随之瓦解。
值得注意的是，这一宣言只是破除现代天皇的“神格神权”，并未直接否定日本神话中天皇与国民血缘祖先的神性渊源，也未完全废除帝王神仪。因此，日本右翼保守势力并未就此罢休，仍对天皇进行变相的神化宣扬。
实际上，自1926年以来，日本以天皇名义发动的侵略战争数不胜数。裕仁理应首当其冲接受清算，却因美方政策幸免于难，这也成为部分观点认为战后审判未尽彻底的原因之一。
而在惩处战犯、清除财阀方面，麦克阿瑟的行动成效参差不齐。四大财阀三井、三菱、住友、安田于1945年年底被强行解体，数十个中小财阀同样被拆分重组；对于许多重大战犯和极端武装分子，却基于种种权衡选择宽宥。九一八事变的策划者石原莞尔、臭名昭著的731部队长石井四郎等人，都未受到应有的审判。通过推动“公职追放运动”，约有二十万极端分子和军国主义官员失去公职，日本右翼势力遭遇重创，只是效果远未达到外界预期。
当日本政局基本稳定后，麦克阿瑟开始推行更为彻底的社会改革。他深知军国主义长期对日本民众思想的侵蚀，因此在落实变革时采取从群众基础做起的路线。日本战败后，国家经济陷入瘫痪，农业产出锐减，每人每日口粮甚至不足200克，饥饿成为普遍现象。麦克阿瑟紧急从美国调运大量粮食与经济支援，以350万吨大米、20亿美元援助缓解民生疾苦，并向全国广播，“保证从此不再发生饿死的人”。这一措施彻底改变了日本民众对战败未来的恐惧情绪，有些人甚至第一次吃上以往专属军队的精米。
依托良好的民心基础，麦克阿瑟主导起草了日本新宪法。据日本宪法调查会时任会长高柳贤三回忆，面对日本政府的消极抵触，麦克阿瑟直接警告，如不接受新宪法的规定，将对天皇本人启动战争审判程序。日本方面最终不得不屈服，1946年，新宪法正式实施。这部法律空前强调基本人权赋予国民选举权、出版集会自由、住宅安全保障、反对无据搜查等。妇女获得了前所未有的政治地位。新当选国会议员中，罕见出现了数十位女性，一时成为轰动事件。
土地改革也在1946年底深入推进。法案限定每位地主最多保有65亩土地，其他部分必须低价出售给农户。租赁地亦被严格调控地价。通过这个举措，日本几千年固化的封建土地结构被彻底打破，绝大多数佃农首次拥有了自己的土地。有日本革命者曾感叹：很多人为了理想奋斗终生，最终也未能彻底推翻旧体制，却没想到麦克阿瑟一下子彻底完成了土地革命。
在麦克阿瑟掌控日本时期，他不仅是实际意义上的最高统治者，更因替日本带来了可见的改变，收获了广大日本国民的信任和敬重。甚至有统计显示，五年多时间里，日本民众给他寄送了多达五十万封信，内容涵盖投诉、建议，乃至极富个人感情色彩的表白。当他于1951年被召回美国、离开日本时，送行群众达20万人，人们哀痛难舍，并非出自奴性，而是发自内心感谢他为日本社会所带来的诸多权益和实际福祉。
日本战后的高速崛起，与美国的深度介入和有意识的扶植密不可分。虽然在部分领域，美国确实对日本进行了限制和遏制，但同样赋予其诸多超出应有份额的利益。以《波茨坦公告》第八条为例，按理仅允许日本保留本州、北海道、九州、四国，及美方指定岛屿，但美国后期安排下，像琉球群岛、钓鱼岛等地区权益也落入日本之手。正因如此，战后的日本在国际结构中始终对美国言听计从，对美关系极为依赖。这是一种深层利益绑定，对于这个国家多数人来说失去美国的庇护，意味着将承受重大的利益损失。
